药店的分公司与总公司是否可以合并申报，可能会涉及到具体的法律和法规要求，以及公司的结构和组织形式。一般情况下，分公司和总公司是独立的法人实体，它们有自己的经营权和责任。合并申报通常需要符合相关的法律程序和程序，包括股东大会决议、监管机构的批准等。

如果您有意合并申报分公司和总公司，建议您咨询专业的法律顾问或会计师，以了解适用于您特定情况的法律和法规，并从法律角度评估该过程的可行性。这样可以确保您遵守相关法律法规，同时保护您和公司的权益。

需要注意的是，以上仅提供一般性的指导，实际操作可能因地区和国家的法律规定不同而有所差异。因此，在具体情况下，最好咨询专业人士以获取准确的法律建议和指导。