深圳阶梯摇号和专项摇号的主要区别如下：

申请条件：阶梯摇号的申请条件相对较为宽松，只要符合深圳市小汽车增量指标的申请条件，并且累计参加摇号达到36次以上，即可参加阶梯摇号。而专项摇号的申请条件则更为严格，通常需要满足特定的条件，例如深圳市的专项摇号要求申请人必须为深圳市户籍人员或持有深圳市有效居住证的非深圳市户籍人员，并且在深圳市连续缴纳社会保险满24个月以上。

摇号方式：阶梯摇号采用“分层级摇号”的方式，即根据申请人参加摇号的累计次数，划分不同的摇号层级，每个层级的中签率不同。而专项摇号则通常采用“定向摇号”的方式，即针对特定的人群或需求进行摇号，例如针对深圳市的医护人员、公安干警等特殊职业人群，或者针对购买新能源汽车等特定需求。

摇号指标：阶梯摇号和专项摇号的指标数量也有所不同。阶梯摇号的指标数量通常较多，而且每个申请人都有机会获得指标。而专项摇号的指标数量则相对较少，通常只针对特定的需求或人群进行投放，因此中签率也相对较低。

综上所述，深圳阶梯摇号和专项摇号在申请条件、摇号方式和摇号指标等方面都存在明显的差异。具体选择哪种摇号方式，需要根据自身的实际情况和需求来决定。