是的，毕业论文写参考文献可以降低查重率。参考文献是论文中唯一可以合法复制的部分，因此，如果合理地引用参考文献，则可以在一定程度上降低查重率。
然而，需要注意的是，引用的参考文献过多或者引用不当也可能导致论文重复率上升。例如，如果引用的参考文献与论文主题不相关或者引用方式不当，则可能会被查重软件认定为重复内容。因此，在撰写参考文献时，建议限制添加的数量，并确保引用的质量和相关性，以免影响论文的原创性和学术价值。
此外，还可以使用一些查重率检测工具来检测参考文献是否添加得当，从而进一步降低查重率。总的来说，写参考文献可以降低查重率，但需要注意引用的数量和质量，以及合理使用查重工具来确保论文的原创性和学术价值。
在写毕业论文时，一般按照如下顺序撰写：封面-目录-声明-中英文摘要-正文-参考文献-致谢-附件。因此，在撰写毕业论文时，应先编写目录，然后再按照目录的顺序逐一撰写其他部分，最后完成正文部分。
如果您已经完成了正文，但尚未完成目录的编写，可以先在正文中先进行“标题层次、编号、页码”等标记，并在逐一查证各个章节页码的基础上，再根据规定的格式和要求进行目录的编写。
需要注意的是，目录是论文的重要组成部分之一，能够明确各章节的内容和页码，有利于读者对论文的阅读和理解。因此，在编写目录时，需要遵循规范、准确和完整的原则，确保内容的科学性和可读性。