一方面许多湖泊水浅，不足以做航道。而且湖泊一年四季水位变化较大，有枯水期也有涨水期。不符合运河运输稳定的需要。
而且在船水浪的冲击以及各种因素的影响下，运河航道需要定期维护。湖水中的水道就不如路边的水道维护方便。
另外很重要的一个原因是，古代一些大型货船的行驶依靠数十名纤夫拉绳前进。所以运河的水道不能太宽，所以湖泊不适合成为运河水道。
除此之外，湖泊上的风浪比较大。古代技术有限，难以应对水上的恶劣天气。就需要重新开凿水道以避免大风大浪，从而保障船的行驶稳定。
因为现在铁路、公路交通发展起来以后，大运河在交通运输领域的权重降低了，与百年前上至千年前的独霸地位不可同日而语，政府对其重视也就降低了。
大运河在现在主要作为货物水运发挥作用，客运已经寿终正寝。货物运输中，因为水运成本相对较低，还会有市场需求！
如果作为调水功能，可能难以发挥作用。因为大运河贯穿的是黄河、淮河和长江的下游，且丰水期都比较同期，时间差上基本没有调水空间！
京杭大运河是中国历史上一条重要的水运通道，由于运河通行于平原地带，且采取人力、牲畜和风帆动力，限制运量、运力和路程，直到建成南水北调工程后，大幅增加了水源，为京杭运河提供了源源不断的水资源，大力推进整顿水运市场。
此外，随着新型交通运输工具的出现，如公路、铁路和航空等，使得大运河逐渐失去了市场竞争优势，其使用价值也随之降低。因此，现在京杭大运河主要作为文化古迹和旅游景点进行保护和开发。