农村自建房长16m20的窗户的具体设计和留孔位置可以根据个人需求和建筑设计来确定。以下是一般窗户留孔的步骤：

1. 首先，在设计之前，确定窗户的大小和类型。根据房屋设计和功能需求，选择适合的窗户尺寸和型式（如推拉窗、固定窗等）。

2. 确定窗户的位置和布局。考虑房间内部的功能区域、采光需求、外观美观等因素，确定窗户的位置和数量。

3. 根据窗户尺寸，测量正确的留孔位置。根据窗户尺寸和设计要求，在墙体上标记并测量出正确的留孔位置。确保窗户留孔的位置准确、对称和垂直。

4. 使用适当的工具进行留孔。根据窗户留孔位置，使用适当的工具（如电钻、锤子等）进行墙体打孔。根据墙体材料选择合适的钻头或工具，确保留孔过程安全、准确。

5. 清理和处理留孔处的墙体。留孔后，清理留孔处的碎片和灰尘。根据需要，可以使用墙膏或水泥等材料处理留孔处的墙面，以便后续安装窗户。

6. 安装窗户。根据窗户的类型和安装方式，安装窗户到留孔位置。确保窗户安装牢固、平整，并且与周围墙体密封良好。

需要注意的是，这些步骤仅供参考，实际操作中可能会有差异。为了确保安全和质量，建议咨询专业的建筑设计师或施工队伍，遵循相关的建筑规范和安全标准。