1、物理过滤：利用机械办法将水中较大的颗粒隔出掉。如剩余的饲料颗粒、死亡鱼只的尸骨、鱼体的排泄物、分泌物、呕吐物、体表粘液等，一般多使用海绵、喷胶棉、细网目的尼龙网、棕榈叶纤维等。通常是设置在过滤系统的初始端，便于清洗。
2、生物过滤： 培养有益菌菌，通过细菌分解有害元素，如：氨盐、亚硝酸盐、硝酸盐、磷酸盐等等。常用的滤料有：生化球、陶瓷环、玻璃环、珊瑚砂等等（最主要的过滤方式，维持生态系统）。
3、化学过滤： 利用化学制剂除去水的杂质的办法，所使用的制剂有水质安定剂、絮凝剂、除藻剂、蛋白质分解剂、除臭剂等等。
4、吸附过滤：木材、煤炭、果壳、动物骨等含碳量极高的物质能吸附海水中的蛋白质、微量元素、脱色、除异味，连臭氧的分子也能被它吸收。鱼儿的尿液，水中的微藻以及药物也都能被它吸附掉。
5、光合细菌
水族箱中若存在光合细菌，它将那些有机质或硫化氢等物质加以吸收利用，而使耗氧的异营性微生物因缺乏营养而转为弱势，因而降低发生有毒分解产物的机会，同时，底质中的水质借以得到净化，而促使养殖的水族生物的健康成长。
种植水草种子时，需要在透光性良好的鱼缸中铺上2-3厘米厚的水草泥，再对土壤浇一次水，使土壤完全湿润，然后把水草种子均匀的播撒在土壤表面，等待1-2天后，往鱼缸中加满水，并将水温保持在26度左右，使水草旺盛生长。
满水如何种植水草种子
1、土壤条件
种植水草种子时，需要准备一个透光性较为良好的透明鱼缸，再对鱼缸进行消毒处理，然后往其中铺上一层2-3厘米的水草泥，可以使用池塘土、田园土以及蛭石混合配制成的土壤，并且要往土壤中加入多菌灵药粉，使水草健康生长。
2、种植方法
种植水草种子时，需要先对土壤浇一次水，可以在水中滴加几滴营养，让水与水草泥平高，然后即可把水草种子均匀的撒在土壤表面，并使用喷雾器或者水壶向其喷洒水分，使种子与土壤紧密结合，最后在鱼缸上覆盖一层塑料膜。