目前，惠州机场共开通了36条航线，通航30个城市，包括北京、上海、成都、昆明、西安、重庆、杭州、南京、郑州、长沙、青岛、武汉、天津、哈尔滨、贵阳、三亚、沈阳、南昌、宁波、温州、合肥、无锡、丽江、湛江、运城、襄阳、南充、上饶、河池、大连。
2021年9月28日，惠州机场飞行区扩建工程开工。本次飞行区扩建工程是惠州机场二期扩建工程的过渡性工程，计划2025年完工，以站坪扩建为主，配套新建6个C类民航机位，改造2条垂直联络道，新建2900平方米的场务用房。2025年旅客运输量有望达到320万人次，本次飞行区扩建主要是为站坪机位扩能增效，以满足航班量增长和飞机停放需要。