飞鹤星飞帆卓睿2段橙盖和黄盖的主要区别如下：

奶源及原料：无论是橙盖还是黄盖，都使用了生牛乳和乳粉作为奶源。不过，乳粉的加工环节较多，因此在新鲜度和营养度保留方面，可能不如生牛乳。

基础强化配方：两者都添加了ARA、DHA、牛磺酸、核苷酸、胆碱和益生元这六个基础强化配方，以满足宝宝的基础营养需求。

特色强化配方：星飞帆卓睿2段黄盖在特色强化配方方面更加丰富，包括OPO结构脂、乳铁蛋白、酪蛋白磷酸肽、益生菌、叶黄素、MFGM乳脂球膜、脑磷脂群、水解蛋白、α-乳清蛋白和OPN等，这些成分旨在提供更全面的营养支持。而星飞帆卓睿2段橙盖的特色强化配方包括OPO结构脂、酪蛋白磷酸肽、叶黄素、水解蛋白、α-乳清蛋白、MFGM乳脂球膜和OPN，虽然种类也不少，但相较于黄盖版本略少一些。

总的来说，飞鹤星飞帆卓睿2段橙盖和黄盖在奶源及原料、基础强化配方方面较为相似，但在特色强化配方方面存在一定差异。选择哪种产品主要取决于消费者的需求和宝宝的体质。同时，建议在购买奶粉时，仔细查看产品说明并咨询医生或专业人士的意见，以确保宝宝获得充足的营养和健康。