1、法律地位缺失

目前，电子票据在《票据法》中尚未确立合法的地位。在实际操作过程中，电子票据的签发和流动、资金划拨、结算，均是网上虚拟实现，电子交易的签章只通过电子签名的形式来实现，但是我国的《票据法》尚未承认经过数字签章认证的非纸质的电子票据的支付和结算方式。因此，电子票据在受到法律方面的保障上，会受到一定的影响。

2、电子票据的接受度不是特别高

很多企业的管理人员、财务人员，对于电子票据的认可度还是比较有限，适用的范围也不是很广，因此电子票据的流动性会受到一定影响。他们中的多数，仍偏向于纸质票据，对电子票据、电子汇票等不太放心，这影响到电子票据的流通效率和交易效率。

3、出现纠纷取证难

由于电子票据的的格式、核押方式均由商业各银行自行确定的，而作为交易活动的客户方，无法掌握电子票据的真实性，一旦客户和银行之间发生因泄密、被盗、篡改等业务纠纷。

商业银行利用自己管理电子数据的优势，提供对自己有利的证据，而客户由于不掌握电子数据的管理权，则难以取得对商业银行不利的网上银行的电子数据证据，这会有失公平。对于使用电子票据的企业或个人来说，当与商业银行发生纠纷时，客户无法取证、取证难，这也加大了客户的风险。

4、财务上的风险

电子票据在财务上，可能需要转开成纸质票据，而其与直接背书的的纸质票据的转让相比，电子票据的质押转开会同步增加客户应收和应付票据，增加客户的负债率，不利于财务表表的优化。

5、技术风险

对于电子票据，其还面临电子载体的各种系统性风险。包括数据文件丢失、系统瘫痪、网络攻击风险等等，这也是电子载体安全问题的共性。

6、道德风险

在电子票据案中，就暴露了银行内部人员在审核上不严格执行的道德风险问题。有银行离职员工冒充工商银行廊坊分行工作人员身份，伪造该银行相关资料及印鉴，目前，电子票据系统的整个管理程序，在安全防范上，都显得过于“粗心”，对道德风险的防范也不足，因此这也是电子票据的使用过程中的道德风险问题。