港澳通行证和护照可以同时办理。
从2014年4月1日起出入境业务中的护照，港澳通行证，大陆居民往来台湾通行证的申请表更新成三表合一，填写一张申请表可以同时办理这三个证件了。申请人只需填写《中国公民出入境证件申请表》，就可办理现行普通护照、往来港澳通行证和签注、往来台湾通行证和签注三类出入境证件及签注。
办理费用;首次办理护照收费200元，往来港澳通行证100元，到香港、澳门签注一次各需20元。往来台湾通行证50元（含一次有效签注）。
护照和国籍是两个不同的概念，他们之间的区别如下：
1. 定义不同：护照是一种证件，用于证明持有人的身份和国籍，并允许持有人进入其他国家或地区。国籍则是指一个人所属的国家或国籍。
2. 功能不同：护照的主要功能是证明持有人的身份和国籍，并允许持有人在旅行时进入和离开其他国家。而国籍则是一个人所属国家的身份标识，用于在国内和国际上证明其身份。
3. 获取方式不同：获得护照的方式通常需要申请和支付相关费用，并需要提供一些个人信息和文件，例如出生证明、身份证明等。而国籍是通过出生、婚姻、父母国籍等方式自动获取的，且无需支付费用。
4. 证明能力不同：护照可以作为身份证明和旅行证明，但并不能证明持有人的国籍。而国籍则可以证明一个人所属的国家或国籍，通常用于证明个人身份和法律地位。
总之，护照和国籍虽然有相似之处，但是他们之间的定义、功能、获取方式和证明能力都存在不同，需要根据具体情况来区分和使用。
护照和港澳通行证的办理，需要到当地的公安机关出入境管理部门办理。具体办理流程和所需材料可能因不同地区和个人情况而异，一般应该包括以下步骤：
1. 准备好所需材料，包括身份证、户口本、照片等，具体要求可以向当地的公安机关出入境管理部门咨询。
2. 到当地公安机关出入境管理部门办理预约。一般来说，可以通过电话、网上预约等方式进行预约，也可以直接前往公安机关出入境管理部门进行预约。
3. 按照预约时间前往公安机关出入境管理部门办理护照或港澳通行证。在办理过程中，需要提交所需材料、进行照相、指纹采集等步骤。
4. 办理完成后，按照要求缴纳相应费用，并按照指定时间领取护照或港澳通行证。
需要注意的是，护照和港澳通行证的办理时间可能较长，一般需要数个工作日或更长时间。因此，建议提前规划好行程，并尽早进行办理。另外，如果需要办理加急或快递服务，可能需要额外支付相关费用。