当对方因为某些原因没有看到你发送的祝福短信并表达了歉意时，你可以采用以下几种回复方式：

安慰与理解：首先表达你对对方的理解和安慰，让他们知道这不是大问题。例如：“没关系，我知道生活中总有疏忽和意外。祝福无论何时都是心意，只要你能感受到就好。新的一年，希望我们都能顺利如意！”

重新发送祝福：如果你愿意，可以再次发送你的祝福，确保对方能够收到。例如：“没关系，我想再次祝你新年快乐，万事如意！希望你的每一天都充满阳光和喜悦。”

表达感激：感谢对方对你祝福的重视，即使他们错过了第一次的发送。例如：“谢谢你的道歉，我很高兴你重视我的祝福。新的一年，希望我们的友谊更加深厚，一起分享更多的快乐和幸福。”

幽默调侃：如果你们关系亲密，也可以用幽默的方式回应，减轻对方的压力。例如：“哈哈，没关系，我知道你是因为太忙了在和时间赛跑呢！只要你的心里有我，我就心满意足啦！新的一年，别忘了多关心关心我这个老朋友哦！”

无论你选择哪种回复方式，最重要的是传达出你对对方的关心和理解，并让他们知道你的祝福是真诚的。记住，祝福的真正意义在于心意，而不仅仅是形式。通过你的回复，让对方感受到你的善意和温暖，加深彼此之间的友谊和联系。