两港快线不跟16号线换乘的原因有以下几点：1. 两港快线和16号线的设计初衷不同。

两港快线主要服务于港口地区的乘客，其运作模式和需求与16号线有所差异。

因此，为了保持线路的高效和方便性，两者没有设置换乘点。

2. 运输效率考虑。

两港快线和16号线都是独立的地铁线路，各自拥有自己的运输调度和时间表。

如果两者之间设置换乘点，可能会对运输效率产生影响，导致列车接驳时间不稳定，乘客的出行体验受到影响。

3. 空间和成本限制。

在城市地铁规划中，设置换乘点需要考虑空间限制和工程成本。

如果两港快线和16号线要实现换乘，可能需要进行大规模的工程改造和站点建设，涉及到大量的投资和资源调配。

在当前的规划和投资考虑下，可能并不具备条件进行换乘点的建设。

综上所述，两港快线不跟16号线换乘是基于运营模式、效率和成本等综合考虑所做出的决策。